Atrakcyjnym sposobem przyjazdu na Słowację jest transport wodny. Przystań pasażerska na Dunaju w Bratysławie jest połączona regularnymi liniami z Wiedniem, Hainburgiem, Budapesztem i innymi przystaniami rzecznymi na Dunaju. Od kwietnia do października pomiędzy Wiedniem i Bratysławą kursuje wodolot Meteor (1,5 godz.) i Twincity Liner (1 godz.).