A múzeum kezdeményezője és kivitelezője a helyi orvos, Dr. Pavol Blaho, hazafi, a szlovák népművészet rajongója volt, s aki művészeti, népművészeti és történelmi tárgygyűjteményét 1905. szeptember 30.-án és október 1.-én hozzáférhetővé tette a nyilvánosság számára, aminek a célja a földműves és kézműves rétegek öntudatának felemelése és a nemzetegyesítési folyamat megerősítése volt.

Városi Múzeumként van bejegyezve 1945-től, 1952-ben mint Járási Honismereti Múzeum, 1965-től Hegyháti Múzeumként működik, s jelenleg regionális tudományos-kutatói, gyűjteményfejlesztői és kulturális-nevelői intézményi státusszal rendelkezik.  

A múzeum tudományos tudományos-kutatói feladatokat teljesít a régészet, a történelem, az etnológia, a zenekultúra-történet és a folklórtörténet területén, valamint régészeti, régi és újtörténelmi, numizmatikai, etnológiai, zenekultúra-történeti, folklórtörténeti, képeslapi, fényképdokumentációs, filmdokumentációs, kézirati és muzeális könyvtári gyűjteményi alapokat hoz létre és fejleszt.

A múzeum megalakulásának százéves évfordulója alkalmából 2005-ben átrendezett állandó kiállítás az eredeti épületben a múzeum alapítója eredeti gyűjteményének egy részét mutatja be, egy további részben a gyűjteményt alkotó tárgyak, fényképdokumentáció és írott szövegek segítségével a kutatói és gyűjteményfejlesztői tevékenység - régészet, történelem, irodalomtörténet, etnológia és a folklór területéről szerzett eddigi eredményeit tárja elénk. A kiállítási terület egy része Július Koreszka tájképfestő Szakolcára (Skalica) vonatkozó festői alkotásának van fenntartva

A múzeumnak a régió területén kihelyezett tárlatai vannak a szakolcai Szent György-rotundában, amely nemzeti kulturális műemlék, Ján Hollý szülőházában Búrszentmiklóson (Borský Mikuláš), Jozefa M. Hurban lubokai (Hlboké)emlékszobájában, valamit a Nagylévárdi Habán Udvarban (Habánsky dvor Veľké Leváre). A múzeum központi épületben, az ún. Mitták-házban (Mittákovský dom) havi vagy kéthavi időközönként muzeális és képzőművészeti kiállításokat rendeznek a két kiállítóteremben. Tudományos konferenciákat, szakmai szemináriumokat, előadásokat és kulturális-társadalmi rendezvényeket is szervez.

A Hegyháti Múzeum állandó kiállításai:

Etnológiai részleg
Archeológiai részleg
Történelmi részleg
Július Koreszka Galéria

A Hegyháti Múzeum kihelyezett kiállításai:

Ján Hollý Szülőháza Búrszentmiklóson
Jozef Miloslav Hurban Emlékszoba Lubokán (Hlboké)
Szent György - rotunda Szakolcán
Habáni ház Veľké Leváre-ban

Forrás: Záhorské múzeum Skalica