Muzeum Miejskie Bratysławy w chwili obecnej udostępnia publiczności jedenaście muzeów tematycznych, które mieszczą się w cennych zabytkowych budowach.

Muzea administrowane przez Muzeum Miejskie Bratysławy:

Miejskie Muzeum Historyczne - Stary Ratusz
Muzeum Winiarstwa i Muzeum Epokowych Wnętrz - Pałac Apponyi'ego 
Muzeum Broni - Michalska Wieża 
Muzeum Farmacji - Apteka pod Czerwonym Rakiem
Muzeum  Zegarów - Dom u Dobrego Pasterza 
Muzeum Johanna Nepomuka Hummela
Muzeum Arthura Fleischmanna 
Muzeum Janka Jesenského
Zamek Devín
Antyczna Gerulata Rusovce

Źródło: Múzeum mesta Bratislavy