Múzeum mesta Bratislavy v súčasnosti sprístupňuje verejnosti jedenásť tematických múzeí v historicky vzácnych budovách.

Múzeá patriace pod Múzeum mesta Bratislavy: 

Stará radnica: Expozícia dejín mesta

Apponyiho palác: Expozícia historických interiérov + Expozícia vinohradníctva

Michalská veža – zatvorená a v rekonštrukcii (plánované otvorenie v roku 2023)

Múzeum farmácie, Lekáreň U červeného raka

Múzeum hodín, Dom U Dobrého pastiera

Múzeum Arthura Fleischmanna

Pamätný dom J. N. Hummela

Múzeum Janka Jesenského

Antická Gerulata

Zdroj: Múzeum mesta Bratislavy